課程資訊
課程名稱
 高通量技術概論與數據分析
Introduction to high-throughput technique and data analysis 
開課學期
 109-2 
授課對象
 學程  智慧醫療學分學程  
授課教師
 張以承 
課號
 Genom7008 
課程識別碼
 455 M0080 
班次
  
學分
 2.0 
全/半年
 半年 
必/選修
 選修 
上課時間
 星期五3,4(10:20~12:10) 
上課地點
 基醫405 
備註
 本課程中文授課,使用英文教科書。與江士昇、周祐吉、鄭婷仁、毛溪山、徐唯哲、劉傳崑、陳逸然、柯屹又合開。智慧醫療學程醫學院「數據」與郭錦樺、許家郎、陳沛隆、潘思樺、林靖愉合授
總人數上限：60人 
Ceiba 課程網頁
 http://ceiba.ntu.edu.tw/1092Genom7008_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
 核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

生物體複雜度極高, 現代生物醫學逐漸由”hypothesis-driven”轉成”hypothesis-free”, 高通量技術將成為必備之知識, 整個基因組乃至於整個國家, 都成為分析的目標, 本課程介紹常用全基因組定序, 轉錄體, 蛋白體學, 與代謝體學方法。並介紹全基因組RNAi/CRISPER 篩選, 全基因組基因剔除小鼠資源, 高通量小分子藥物篩選, 虛擬分子對接, 與人體生物醫學資料庫乃至於與全民健保資料庫的連結。課程除了技術概論, 還包含數據分析之基本原理。 

課程目標
 熟悉實驗室常用高通量技術之原理與分析技巧 
課程要求
 簽到(50%)、報告(40%)、課堂討論 (10%) 
預期每週課後學習時數
  
Office Hours
  
指定閱讀
 待補 
參考書目
 Nature Biotechnology: Computational Biology Primers

http://www.liacs.nl/~hoogeboo/mcb/nature_primer.html 
評量方式
(僅供參考)
  
No.
項目
百分比
說明
1. 
 出席率 
50% 
  
2. 
 報告 
40% 
  
3. 
 課堂討論 
10% 
  
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第0週
 02/01  課表 
第1週
 02/26  Introduction to basic concept 
第2週
 3/5  Genome-wide association and linkage analysis 
第3週
 03/12  transcriptome(1) 
第4週
 03/19  transcriptome(2) 
第6週
 03/26  Genome-wide RNAi screening/CRISPER
ref:
1. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Shalem O*, Sanjana NE*, Hartenian E, Shi X, Scott DA, Mikkelsen T, Heckl D, Ebert BL, Root DE, Doench JG, Zhang F (2014). Science, 343, 83-7. DOI:10.1126/science.1247005.



2. Genome-Scale CRISPR-Mediated Control of Gene Repression and Activation. Gilbert LA, Horlbeck MA, Adamson B, Villalta JE, Chen Y, Whitehead EH, Guimaraes C, Panning B, Ploegh HL, Bassik MC, Qi LS, Kampmann M, Weissman JS. Cell. 2014 Oct 23;159(3):647-61. doi: 10.1016/j.cell.2014.09.029. 
第7週
 04/16  High-Throughput Small Molecule Screening 
第8週
 04/23  Next-generation sequencing (I) 
第9週
 4/30  Next generation sequencing ( II ) 
第9週
 5/7  Lipidomics 
第10週
 5/14  Cheminformatics 
第11週
 5/21  Proteomics (I)
會議 ID：304-616-771 
第12週
 05/28  Proteomics (II) 
第13週
 06/04  Metabolomics 
第14週
 06/11  NMR in Biomedical Research 
第15週
 06/18  The Application of Computer Mode ling for Drug
Design